Miles de autónomos soportarán más costes a partir de enero: MEI, SMI, Verifactu y otras novedades

1. Nuevas subidas de costes para pymes y autónomos a partir de enero
   • El MEI volverá a incrementar las cotizaciones de autónomos y empleados
   • Posible subida del SMI de hasta un 7,5%
   • Las pymes tendrán que usar un programa certificado desde enero
   • Novedades para quienes contratan en prácticas o a becarios
2. Otras medidas que podrían aprobarse pronto: cuotas y nuevo registro digital
   • Posible subida de cuotas según la inflación
   • Posible implantación del control horario digital

Acaba de empezar diciembre y solo falta un mes para que comience el nuevo año, que traerá varias novedades para los autónomos y pequeñas empresas. La mayoría de ellas supondrá una subida más de los costes laborales y cotizaciones para las pymes.

El nuevo año va a traer distintos cambios normativos –algunos ya confirmados, otros aún en negociación– que incrementarán los costes para la mayoría de autónomos; sobre todo, si tienen empleados a su cargo.

Ahora mismo, las empresas se enfrentan a un incremento asegurado a causa del Mecanismo de Equidad Intergeneracional (MEI), que sube cada año por ley las cotizaciones que pagan los trabajadores por cuenta propia por ellos mismos, y también por sus trabajadores.

Eso sin contar la posible subida que planea la Seguridad Social en las cuotas del colectivo. Incremento que aún no está pactado pero, según los expertos, podría hacer aumentar las cotizaciones de la mayoría de trabajadores por cuenta propia en función de la inflación. Es decir, hasta un 2,7%.

A esto se suman otros costes laborales como el Salario Mínimo Interprofesional, que este 2026 podría sufrir una de las subidas más importantes de la última década. También hay otros cambios previstos, como la obligación para ciertos negocios de cambiar sus programas de facturación e invertir en uno certificado por la Agencia Tributaria.

A continuación se repasan todas las medidas que podrían disparar los costes de los autónomos y pequeñas empresarios a partir de enero. 

Nuevas subidas de costes para pymes y autónomos a partir de enero

El MEI volverá a incrementar las cotizaciones de autónomos y empleados

Desde su implantación en 2023, el MEI ha supuesto un recargo progresivo sobre las cotizaciones sociales, tanto las que pagan las empresas por sus trabajadores, como por ellos mismo. Con la llegada de 2026, este tributo subirá nuevamente.

El tipo general pasará al 0,90 % de la base de cotización, de los cuales 0,75 % correrán a cargo de la empresa y 0,15 % del trabajador. Para autónomos que cotizan por su cuenta, el coste recae enteramente sobre ellos. 

Para ponerlo en cifras: un autónomo que tiene empleados cobrando el salario medio (en torno a los 1.925 euros brutos al mes), pagaría hoy unos 187,60 euros al año por MEI. Con la subida, esa cantidad aumentará hasta unos 210 euros anuales. Es decir, habría un incremento de alrededor de 22 euros al año por trabajador.

Aunque la subida por empleado pueda parecer reducida, para negocios con varias personas en plantilla podría suponer un impacto importante en los costes laborales. Además, la ley prevé incrementos progresivos hasta 2029, cuando el MEI llegará al 1,2%. 

Por otro lado, los autónomos también verán subir su propia cuota mensual. Por ejemplo, aquellos con base mínima pasarán de pagar unos 5,22 euros al mes por el MEI a abonar cerca de 5,88 euros. Mientras que quienes coticen por bases más altas pueden ver incrementos de entre 8 y 45 euros al año solo por este concepto. 

Posible subida del SMI de hasta un 7,5%

Aparte del MEI, otra de las principales preocupaciones para pymes y autónomos es la próxima revisión del Salario Mínimo Interprofesional (SMI). Recientemente, los sindicatos UGT y CCOO han propuesto una subida del 7,5 % para 2026 (hasta los 1.273 euros brutos mensuales en 14 pagas).

Como ya avanzó este diario, el incremento que plantean los sindicatos no sólo afectará al sueldo que pagan las empresas, sino también a las cotizaciones. Por lo tanto, el coste total de los empleadores podría dispararse hasta 1.500 euros más al año por cada trabajador.

Aunque por el momento la subida no está confirmada -hay una mesa de expertos analizando los posibles incrementos-, la ministra de Trabajo, Yolanda Díaz, lleva desde antes de verano avisando que su intención es llevar a cabo este incremento. Ello a pesar de que la patronal se ha opuesto desde el primer momento y recuerda que estos aumentos deben hacerse -y de hecho se están haciendo- a través de convenios pactados sector por sector.

Las pymes tendrán que usar un programa certificado desde enero

Otra de las novedades más importantes para 2026 es la entrada en vigor de Verifactu, el nuevo sistema de facturación que exige que todas las facturas se emitan mediante software certificado, con trazabilidad, firma electrónica y registro inalterable. 

A pesar de que la Federación Nacional de Asociaciones de Trabajadores Autónomos (ATA) ha pedido en varias ocasiones a la Agencia Tributaria que posponga esta obligación para dar más margen de adaptación a las empresas, parece que Hacienda va a seguir adelante con las fechas previstas.

El calendario previsto establece la obligación para las sociedades de cambiar a un programa certificado, con la inversión que esto implica, desde el 1 de enero de 2026. Para los autónomos, el plazo se extiende hasta el 1 de julio de 2026. 

Sin embargo, y esto incrementa la presión sobre muchas empresas, varios estudios apuntan que ahora mismo sólo  el 40% de las pymes se habrían adaptado al nuevo reglamento.

Según estimaciones recogidas en recientes análisis, el coste medio de adquirir un programa de facturación homologado puede oscilar entre 100 y 300 euros para autónomos, entre 300 y 600 euros para microempresas y entre 600 y 1.000 euros para pequeñas empresas.

Ese gasto no siempre está previsto en las cuentas, y para negocios de hostelería, comercio o servicios -que a menudo funcionan con soluciones antiguas- la adaptación puede suponer complicaciones adicionales. 

Las sanciones por no cumplir la normativa tampoco son desdeñables: hasta 50.000 euros en caso de usar software no certificado, lo que añade un coste de reputación y económico elevado.

Novedades para quienes contratan en prácticas o a becarios

Más allá de los costes sociales y administrativos, 2026 trae también cambios en la regulación para negocios que contraten a empleados en prácticas o becarios.

Recientemente se aprobó un reglamento que limita a tres el número de contratos en prácticas que puede formalizar cada empresa, lo que afectará sobre todo a empresas que recurren a esta figura de forma habitual y tendrán que optar por otros empleados, quizás más cualificados y con mayores costes.

Además, el nuevo Estatuto del Becario –también aprobado recientemente, aunque a falta del visto bueno del Parlamento– endurece las condiciones para la incorporación de becarios: obliga a las empresas a asumir ciertos costes de seguridad social y cubrir los costes en los que puedan incurrir estos estudiantes.

Otras medidas que podrían aprobarse pronto: cuotas y nuevo registro digital

Posible subida de cuotas según la inflación

Más allá del MEI ya confirmado, también hay pendiente una posible subida de las cuotas de los autónomos, que se estaba negociando entre la Seguridad Social y las organizaciones representativas del colectivo.

Sin embargo, por el momento, está mesa está pausada. Según confirmaron fuentes de ATA a este diario, ahora mismo y sin presupuestos ni acuerdo confirmado, hay posibilidades de que se prorroguen las mismas tablas de cuotas que ha habido para este año para el siguiente.

Ahora bien, también cabría la posibilidad de que la Tesorería aumente las cuotas en base a su última propuesta. Es decir que congele las cotizaciones de los que menos ingresan pero haga una subida de hasta un 2,7% -lo que ha aumentado la inflación- para los tramos más altos. 

Posible implantación del control horario digital

Otra medida sobre la mesa -aunque aún sin aprobación definitiva- es la implantación de un registro horario digital obligatorio para todos los trabajadores, también en pymes.

Según estudios recientes, los costes de implementación pueden ser importantes, especialmente para microempresas sin grandes recursos. La norma contempla la exigencia de sistemas digitales que registren la jornada, datos de entradas/salidas y archivo seguro.

Para pequeñas empresas puede significar instalar un software específico, TPV o terminales dedicados, formar al personal y asumir una cuota mensual o anual por su uso. Dependiendo del tamaño de la plantilla, la factura podría suponer entre unos cientos y hasta mil euros anuales adicionales.